- Oggetto:
- Oggetto:
Bioinformatica
- Oggetto:
Anno accademico 2007/2008
- Codice dell'attività didattica
- S1075
- Docente
- Dott. Alberto ACQUADRO (Affidamento)
- Corso di studi
- [f001-c207] laurea spec. in biotecnologie agrarie vegetali
- Anno
- 1° anno
- Tipologia
- A - Di base
- Crediti/Valenza
- 3
- SSD dell'attività didattica
- INF/01 - informatica
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Conoscenze relative alle attività principali dei sistemi operativi Windows, Microsoft Office, e allutilizzo della rete WWW.- Oggetto:
Programma
Introduzione alla bioinformatica; “OMICs” overview
- DATABASE
Database primarie secondarie, archival, curated); -refseq e genbank, database proteici; Uso degli operatori Booleiani (AND, OR, NOT)
Sistemi di RETRIEVAL (Entrez, SRS)
Rudimenti di ricerca bibliografica in Web of Science e “Trova unito”
Problemi pratici ed esercitazioni
- FORMATI DI SEQUENZE
Formati sequenze (descrizione e costruzione di file fasta e analisi di GBFF)
Costruzione manuale di un file multifasta
Visualizzazione e manipolazione cromatogrammi (sequence scanner e Bioedit); Sottomissione di sequenze(BANKIT)
Problemi pratici ed esercitazioni
- ANALISI DI SEQUENZE
Analisi delle sequenze di DNA; Introduzione; Traduzione concettuale e caratterizzazione degli elementi di una sequenza di DNA genomico e di cDNA;
Utilizzo del pattern recognition per il riconoscimento di introni, esoni, di promotori e terminatori e siti di poliadenilazione. (GeneBuilder, IBA-CNR)
Riconoscimento e mascheramento di elementi ripetuti (CENSOR)
SSR mining (Sputnik, Webtroll)
Problemi pratici ed esercitazioni
Analisi delle sequenze proteiche; Identificazione di una proteina da elementi di sequenza; Analisi della sequenza; Modificazioni post-traduzionali; Predizione della struttura secondaria; strutture proteiche (PDB)
Problemi pratici ed esercitazioni
- ALLINEAMENTO LOCALE E GLOBALE
Ricerche di omologia: il programma BLAST e le sue varianti;
Allineamento mediante ClustalW di acidi nucleici e proteine
Problemi pratici ed esercitazioni
- SNP MINING
Analisi di cromatogrammi, allineamento e SNP mining; “In silico” SNP;
Uso del database REBASE: generazione di mappe di restrizione; Progettazione di CAPS marker. Uso di dCAPS finder per la generazioni di marcatori STS.
Problemi pratici ed esercitazioni
- PCR e disegno di PRIMERS
Disegno di oligo per mezzo del software Primer3; Disegno di primer per ARMS PCR; Disegno di primer per Tetra primer ARMS PCR; Uso di CODEHope per primer degenerati (e software collegati)
Problemi pratici ed esercitazioni
- ANALISI TRASCRITTOMICA
Analisi Microarray
Espression Profiler
esempio di utilizzo in lievito
Gene Ontology
Problemi pratici ed esercitazioni
- ANALISI PROTEOMICA
Analisi Proteomica (2DE) e spettrometria di massa: generazione dei dati
Analisi dei dati di massa mediante Mascot
Identificazione degli spot. De novo Sequencing di uno spot
Problemi pratici ed esercitazioni
- ANALISI METABOLOMICA
Metaboliti della pianta e database biologici (KEGG)
Problemi pratici ed esercitazioni
- GENOMICA FUNZIONALE
-database e mutanti: recupero di mutanti da inserzione di T-DNA e di sequenze geniche (SIGNAl)
-Silenziamento Genico (RNAi )
-rilevamento di siRNA e di MiRNA
-costruzione di siRNA
-Progetto AGRIKOLA
Problemi pratici ed esercitazioni
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
- Non esiste un testo unico in cui siano riportati in maniera adeguata tutti gli argomenti trattati nel corso. Alcune parti del programma possono essere ricavate dal volume:
INTRODUZIONE alla BIOINFORMATICA
di Giorgio Valle, Manuela Helmer Citterich Marcella Attimonelli, Graziano Pesole (Zanichelli Editore)
le restanti parti sono a disposizioni degli studenti attraverso un web site:
www.personalweb.unito.it/alberto.acquadro/bioinformatica/index.htm - Oggetto:
Note
Modalità desame:
Prova pratica più colloquio orale- Oggetto:
