Vai al contenuto principale
Coronavirus: aggiornamenti per la comunità universitaria / Coronavirus: updates for UniTo Community
Oggetto:
Oggetto:

Bioinformatica

Oggetto:

Anno accademico 2007/2008

Codice dell'attività didattica
S1075
Docente
Dott. Alberto ACQUADRO (Affidamento)
Corso di studi
[f001-c207] laurea spec. in biotecnologie agrarie vegetali
Anno
1° anno
Tipologia
A - Di base
Crediti/Valenza
3
SSD dell'attività didattica
INF/01 - informatica
Oggetto:

Sommario insegnamento

Oggetto:

Obiettivi formativi

Conoscenze relative alle attività principali dei sistemi operativi Windows, Microsoft Office, e all’utilizzo della rete WWW.
Oggetto:

Programma

Introduzione alla bioinformatica; “OMICs” overview

 

  • DATABASE

Database primarie secondarie, archival, curated); -refseq e genbank, database proteici; Uso degli operatori Booleiani (AND, OR, NOT)

Sistemi di RETRIEVAL (Entrez, SRS)

Rudimenti di ricerca bibliografica in Web of Science e “Trova unito”

Problemi pratici ed esercitazioni

 

  • FORMATI DI SEQUENZE

Formati sequenze (descrizione e costruzione di file fasta e analisi di GBFF)

Costruzione manuale di un file multifasta

Visualizzazione e manipolazione cromatogrammi (sequence scanner e Bioedit); Sottomissione di sequenze(BANKIT)

Problemi pratici ed esercitazioni

 

  • ANALISI DI SEQUENZE

Analisi delle sequenze di DNA; Introduzione; Traduzione concettuale e caratterizzazione degli elementi di una sequenza di DNA genomico e di cDNA;

Utilizzo del pattern recognition per il riconoscimento di introni, esoni, di promotori e terminatori e siti di poliadenilazione. (GeneBuilder, IBA-CNR)

Riconoscimento e mascheramento di elementi ripetuti (CENSOR)

SSR mining (Sputnik, Webtroll)

Problemi pratici ed esercitazioni

 

Analisi delle sequenze proteiche; Identificazione di una proteina da elementi di sequenza; Analisi della sequenza; Modificazioni post-traduzionali; Predizione della struttura secondaria; strutture proteiche (PDB)

Problemi pratici ed esercitazioni          

 

 

  • ALLINEAMENTO LOCALE E GLOBALE

Ricerche di omologia: il programma BLAST e le sue varianti;

Allineamento mediante ClustalW di acidi nucleici e proteine

Problemi pratici ed esercitazioni

 

 

  • SNP MINING

Analisi di cromatogrammi, allineamento e SNP mining; “In silico” SNP;

Uso del database REBASE: generazione di mappe di restrizione; Progettazione di CAPS marker. Uso di dCAPS finder per la generazioni di marcatori STS.

Problemi pratici ed esercitazioni

 

  • PCR e disegno di PRIMERS

Disegno di oligo per mezzo del software Primer3; Disegno di primer per ARMS PCR; Disegno di primer per Tetra primer ARMS PCR; Uso di CODEHope per primer degenerati (e software collegati)

Problemi pratici ed esercitazioni          

 

  • ANALISI TRASCRITTOMICA

Analisi Microarray

Espression Profiler

esempio di utilizzo in lievito

Gene Ontology

Problemi pratici ed esercitazioni          

 

  • ANALISI PROTEOMICA

Analisi Proteomica (2DE) e spettrometria di massa: generazione dei dati

Analisi dei dati di massa mediante Mascot

Identificazione degli spot.  De novo Sequencing di uno spot

Problemi pratici ed esercitazioni          

 

  • ANALISI METABOLOMICA

Metaboliti della pianta e database biologici (KEGG)

Problemi pratici ed esercitazioni     
    

  •  GENOMICA FUNZIONALE

-database e  mutanti: recupero di mutanti da inserzione di T-DNA e di sequenze geniche (SIGNAl)

-Silenziamento Genico (RNAi )

-rilevamento di siRNA e di MiRNA

-costruzione di siRNA

-Progetto AGRIKOLA

Problemi pratici ed esercitazioni          

 

Testi consigliati e bibliografia

Oggetto:

Non esiste un testo unico in cui siano riportati in maniera adeguata tutti gli argomenti trattati nel corso. Alcune parti del programma possono essere ricavate dal volume:
INTRODUZIONE alla BIOINFORMATICA
di Giorgio Valle, Manuela Helmer Citterich Marcella Attimonelli, Graziano Pesole (Zanichelli Editore)
le restanti parti sono a disposizioni degli studenti attraverso un web site:
www.personalweb.unito.it/alberto.acquadro/bioinformatica/index.htm


Oggetto:

Note

Modalità d’esame:
Prova pratica più colloquio orale
Oggetto:
Ultimo aggiornamento: 18/09/2008 13:19
Non cliccare qui!