- Oggetto:
- Oggetto:
Genomica funzionale
- Oggetto:
Anno accademico 2007/2008
- Codice dell'attività didattica
- 1281S
- Docente
- Dott. Ezio PORTIS (Affidamento)
- Corso di studi
- [f001-c207] laurea spec. in biotecnologie agrarie vegetali
- Anno
- 1° anno
- Tipologia
- B - Caratterizzante
- Crediti/Valenza
- 6
- SSD dell'attività didattica
- AGR/07 - genetica agraria
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Conoscenza della genetica vegetale, dei principali metodi di miglioramento genetico delle specie agrarie e della biologia molecolare di base- Oggetto:
Programma
Analisi di associazione carattere e marcatore. La ricerca di marcatori associati a caratteri di interesse agronomico: bulk segregant analysis (BSA), NIL (near isogenic lines) e strategie basate su linkage disequilibrium, produzione di marcatori legata alle tecniche di isolamento del gene. Le mappe di linkage e loro utilizzo nella selezione assistita e nel clonaggio di geni. Popolazioni utilizzate per la costruzione di mappe genetico-molecolari: BC1, F2, RIL (linee inbred ricombinanti) ed F1 (pseudo-test cross).Cenno sui principali metodi di mappatura. La scelta dei genitori per l'incrocio di mappa. La scelta dei marcatori. Analisi di associazione (2 punti, 3 punti, multipoint) e distanze genetiche. Analisi dei principali software disponibili. Cenni sull'uso delle mappe di linkage nella identificazione di QTLs. Fingerprinting e pedigree. L'importanza del fingerprinting nell'attività vivaistica. I brevetti vegetali e la loro protezione. L'attività dell'UPOV. Il problema delle varietà 'essenzialmente derivate'. Aspetti pratici: la manipolazione dei campioni, estrazione del DNA, scelta dei marcatori molecolari, interpretazione dei dati. Il pedigree: analisi di paternità e ricostruzioni genealogiche. Tassonomia molecolare ed origine delle specie coltivate. Le sequenze usate nella tassonomia molecolare: rDNA, ITS, cpDNA, mtDNA. I metodi di ricostruzione filogenetica: metodi fenetici e cladistici. L’analisi “fisica” del Trascrittoma. Costruzione di librerie di cDNA.. Produzione ed ibridazione di cDNA microarray. Preparazione del “Probe”: scelta delle superfici idonee, purificazione dei prodotti da depositare su vetrino, condizioni di “printing”. Preparazione del “cDNA target”: incorporazione diretta e indiretta dei fluorofori e purificazione del cDNA ottenuto. Ibridazione statica e dinamica. L’ Analisi dei dati ottenuti mediante cDNA microarray: i principali approcci d’indagine correntemente utilizzati (clustering dei dati e selezione dei geni differenzialmente espressi)Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
- Brown TA, (1995), Gene cloning. An introduction, Chapman & Hall London
Brown TA, (1999), Genomes. Bios Scientific Publisher, Oxford UK - Oggetto:
Note
Modalità desame:
Orale- Oggetto: